Desetak kilometara od Zaječara, u blizini Gamzigrada, nalazi se Feliks Romulijana (Felix Romuliana), carska palata rimskog imperatora Gaja Valerija Galerija Maksimilijana, podignuta u trećem i četvrtom veku naše ere. Feliks Romulijana je 2007.godine uvrštena u Listu svetske prirodne i kulturne baštine i pod zaštitom je UNESCA. Prilikom arheoloških istraživanja, otkriveni su medicinski i farmaceutski instrumenti iz vremena II-IV veka.
Ovi instrumenti, antičkog doba, izrađeni su od bronze i kamena i predstavljaju najstarije tragove primene i upotrebe lekova, medicinskih i farmaceutskih instrumenata na našem tlu. Prvi podaci o pokušaju da se u Zaječaru osnuje apoteka datiraju još iz davne 1879. godine. Prilika da Zaječar konačno dobije prvu apoteku ukazala se 02.09.1880. godine kada je Ministarstvo unutrašnjih dela dalo dozvolu za početak rada prve apoteke u Zaječaru. Osnivač i vlasnik ove apoteke bio je Franjo Vavriček, diplomirani farmaceut, rođen u Češkoj, koji je došao u Zaječar da u njemu živi i radi i tu ostao do kraja života. Apoteka je radila pod nazivom „Kraljevska dvorska apoteka Franje Vavričeka“.
Zdravstvene prilike u Knjaževcu u XIX veku, bile su slične kao i u ostalim mestima Srbije. Lekovima i lečenjem su se bavili empirici-samouci sve dok u ovu varoš nije došao magistar farmacije Antonije Gančarski. Posle godina provedenih u apotekama Austrije i Mađarske, sa velikim iskustvom stranih apotekara 30.08.1880. godine otvorio je prvu apoteku u Knjaževcu. U periodu pre drugog svetskog rata u Knjaževcu je otvorena još jedna apoteka mr Vojislava Micića koja je radila kao i sve privatne apoteke do avgusta 1949. godine.
Na inicijativu prvog lekara u Boljevcu 18.07.1911. godine magistar farmacije Milivoje Brozičevic otvara prvu apoteku u Boljevcu koja je 1927. godine dobila drugog vlasnika i neometano radila do 1949. godine kada je nacionalizovana.
U periodu pre drugog svetskog rata u Zaječaru je bilo četiri apoteke.
Posle drugog svetskog rata, 1947. godine osnovana je prva Narodna apoteka „Istok“. U jednom izveštaju Povereništva narodnog zdravlja za 1948. godinu stoji da u Zaječaru postoje tri privatne i jedna državna apoteka. Zakonom o otkupu privatnih apoteka iz 1949. godine nacionalizovane su ili otkupljene sve privatne apoteke i preformirane u gradske apoteke.
1958. godine doneto je rešenje da se od postojeće četiri apoteke formira ustanova sa samostalnim finansiranjem pod nazivom Narodna apoteka koja je u skladu sa Zakonom o upisu OOUR-a 1974. godine preregistrovana u Narodna apoteka „Lek“.
Pošto je 1990. godine došlo do gašenja OOUR-a, Apoteka postaje radna jedinica Zdravstvenog centra Zaječar. Sve do 1993. godine apoteke u Zaječaru, Knjaževcu i Boljevcu radile su ujedinjene kao radne jedinice Zdravstvenih centara.
Na osnovu Zakona o zdravstvenoj zaštiti, 1993. godine Vlada Republike Srbije donela je Odluku o davanju saglasnosti za organizovanje Apotekarske ustanove u Zaječaru kao samostalne zdravstvene ustanove koja pokriva teritoriju opština Zaječar, Knjaževac, Boljevac i Sokobanja. Krajem 1993. godine apoteka „Sokobanja“ sa apotekarskom jedinicom u Čitluku izdvojena je iz Apotekarske ustanove Zaječar.
Da bi unapredila kvalitet rada i odgovorila potrebama tržišta rešenjem Privrednog suda 1996.godine izvršena je dopuna delatnosti i na osnovu ovog rešenja odobrava se izrada lekova, a Apotekarska ustanova Zaječar 2001. godine počinje sa izgradnjom galenske laboratorije koja je završena 2004. godine u sklopu apoteke „Lek“. Danas se galenska laboratorija sastoji iz laboratorije za izradu i laboratorije za kontrolu galenskih lekova.
Stupanjem na snagu novog Zakona o zdravstvenoj zaštiti 2005. godine, dolazi do promene naziva i Statuta Apotekarske ustanove Zaječar u Apoteka „Zaječar“ čiji osnivač postaje Opština Zaječar, a 2020. godine, ponovo menja naziv u Apotekarska ustanova ,Zaječar, po stupanju na snagu novog Zakona o zdravstvenoj zaštiti.
Apotekarska ustanova Zaječar je prikladnom svečanošću, 15.11.2010.godine u galeriji Radul begov konak, otvorila izložbu pod nazivom „130 godina apotekarstva Timočke krajine“ i na taj način obeležila značajan jubilej razvoja apotekarske delatnosti u Zaječaru, Knjaževcu i Boljevcu.